L’Association Dejima a été créée en juin 2009 par Aymeric Tanguy et Alice Grimaud, des étudiants désireux de renforcer la cohésion du département d’études japonaises des Langues’O et partager la culture japonaise auprès d'un large public. Elle a par la suite proposé diverses activités en lien avec le Japon ouvertes à toute personne adhérente, française ou japonaise qui souhaite découvrir ou approfondir ses connaissances de la culture japonaise, ou tout bonnement rencontrer des gens sympathiques tout en parlant français et/ou japonais.

Reprise par Najib Youssouf à la rentrée 2012 après l’installation de l’ensemble des Langues’O au Pôle des Langues et Civilisation du 65 rue des Grands Moulins, l’association a connu un nouveau souffle et a décidé de diversifier ses activités par la création d’un club de calligraphie en partenariat avec l’association Chin’alco des étudiants en chinois soutenue par Roland Haller, ou encore un club cinéma et un club de jeux traditionnels.

Avec le nouveau bureau s’est instauré la grande tradition annuelle de la « Journée du Japon » qui connaît en 2013 sa première édition, et qui est depuis l’événement phare de l’association chaque année universitaire.

Même s’il est vrai que les activités proposées changent selon les années, elles ont atteint pour 2016-2017 le nombre de huit, avec l’ouverture de l’atelier à l’initiative de Yann Mornet, du club anime mise en place par Guillaume Thomas et du club de dessin manga de Cindy Caron et Julia Dufour. Chaque activité est aujourd’hui dirigée par deux responsables qui sont des étudiants doués, motivés, bénévoles et plus que sympathiques !

À la rentrée 2019, le bureau alors présidé par Roman Garcia et Diane Dodelin (Vice-présidente), a connu son record d'activités et d'adhésions. Douze activités étaient proposées aux quelques 350 adhérents : Anime, awa-odori, calligraphie, cérémonie du thé, dessin-manga, échanges franco-japonais, jeux traditionnels, origami, sanshin, shinobue, sôran bushi et taiko.
C'est également l'arrivée en janvier 2020 d'une responsable communication, Khadija Benomar. Le développement des réseaux sociaux fut crucial dans la survie de l'association, qui s'était soudainement retrouvée pendant le Covid, dans l'incapacité d'accomplir son objectif premier : animer la vie étudiante. Le bureau a néanmoins su rebondir rapidement en organisant la première édition de la "Semaine du Japon" sur ses réseaux sociaux, comptabilisant 97 publications, plus de 33 000 vues et 2200 interractions. 

La rentrée 2020 s'est faite dans des conditions difficiles, l'association n'ayant toujours pas la possibilité d'animer ses activités en présentiel, la présidence composée de Diane Dodelin et Roman Garcia (VP), ont orienté l'association vers le tout en ligne.